file_get_contents - это функция, которая выводит либо содержимое файла (если указан путь к файлу), либо ответ запроса (да, через нее можно выполнять запросы к другим сайтам, хотя название на это не намекает).
Вам просто надо полученный ответ присвоить переменной и далее уже с этим работать. Вы можете в админке установить компонент Console и в нем выполнить, например:
<?php
$url = 'https://api-metrika.yandex.ru/stat/v1/data';
$params = [
'ids' => 'НОМЕР_СЧЕТЧИКА',
'oauth_token' => 'ТОКЕН',
'metrics' => 'ym:s:visits'
];
$response = file_get_contents( $url . '?' . http_build_query($params) );
$decoded = json_decode($response);
print "<pre>";
print_r($decoded);
print "</pre>";
print "<br />query:" + $decoded['query'];